细菌基因组【肺炎在任何致病细菌的最大基因组调查中作图】

研究人员已经绘制了世界上最常见的肺炎细菌原因，并揭示了这些细菌如何随着疫苗接种而进化。来自Wellcome Sanger研究所，埃默里大学(美国亚特兰大)和美国疾病控制与预防中心的科学家与世界各地的许多合作者一起开展肺炎链球菌的全球基因组调查，在50多个国家发现621株菌株。

这项研究发表于今天(6月10日)的 柳叶刀传染病 ，并在EBioMedicine上发表了一篇姊妹论文，揭示了肺炎链球菌(也称为肺炎球菌)的哪些菌株在世界各地传播并解释为什么肺炎球菌肺炎的发病率仍然存在。尽管现有疫苗仍然很高。通过比尔和梅林达盖茨基金会的资助，这项工作将有助于预测哪些菌株对新型肺炎球菌疫苗具有重要意义，并表明正在进行的全球基因组监测至关重要。

肺炎是一种肺部感染，导致全球每年数十万人死亡，是全球5岁以下儿童死亡的最大单一感染因素*。肺炎链球菌是细菌性肺炎的最常见原因。健康的人经常携带这些细菌而不会生病，但它们会导致致命的感染，特别是在幼儿和一些成年人中。

在过去十年中，世界上许多国家都引入了肺炎球菌结合疫苗(PCV)。这种疫苗针对每种肺炎链球菌细菌周围的皮毛，大大减少了儿童感染的数量。然而，虽然PCV对多达13种重要的皮毛类型非常有效，但已知有超过100种，尽管有疫苗，但肺炎球菌肺炎的发病率仍然很高。

为了理解并帮助对抗这种感染，研究人员建立了全球肺炎球菌测序项目(GPS)，以对全世界的肺炎链球菌进行基因组监测。研究人员与世界各地的合作伙伴合作，对来自51个国家的感染者的20,000多份肺炎链球菌样本的DNA进行了测序。

在PCV引入之前和之后收集样品，并比较DNA序列和健康数据。这使得有可能确定细菌的变化，这些变化可能影响疫苗对肺炎球菌的保护程度，以及新菌株是否会出现影响疾病严重程度和易于治疗的程度。

研究人员在全球范围内发现了621种遗传毒株，每种毒株与一种或多种皮毛类型相关 他们还发现PCV引入后非疫苗型细菌的水平上升，显示细菌如何随着疫苗的进化而进化。

来自Wellcome Sanger研究所的论文资深作者Stephen Bentley教授说： 肺炎对全世界的健康构成巨大威胁。我们现在对全球肺炎链球菌细菌群体有着前所未有的看法，这是细菌性肺炎的常见原因。

，可以看到导致疫苗逃避的进化变化。这将为全球未来的疫苗战略提供重要信息，并有助于拯救生命。

来自Wellcome Sanger研究所的两篇论文的第一作者Rebecca Gladstone博士说： 我们的研究给出了世界上肺炎链球菌种群的第一个基因组描述。这在以前是不可能的，因为之前只有样本我们已经研究了来自个体种群的全球数据，显示每个国家都存在哪些菌株，并且可以用它来了解世界范围内的肺炎球菌感染情况。

肺炎球菌也可以引起身体其他部位的疾病，例如感染脑部或血液，引起脑膜炎或血流感染，这些都可能导致败血症。PCV的婴儿疫苗接种也可以预防这些肺炎球菌感染。通过减少儿童之间肺炎链球菌的传播，PCV还通过群体免疫力减少成人感染的数量。

来自美国疾病控制和预防中心链球菌实验室项目的联合首席研究员Lesley McGee博士说： 了解世界各地存在的肺炎链球菌菌株及其如何发展至关重要回应PCV的引入。这项基因组研究使我们不仅可以看到当前最重要的全球菌株，而且还有助于了解它们的进化。这些信息将为开发预测工具打开大门，以确定疫苗应对中可能出现的菌株。使用。

埃默里全球卫生研究所所长兼该项目首席研究员Robert Breiman教授补充说： GPS成为一个新时代的焦点，在这个新时代，基因组学和公共卫生的交叉能够为优化预防策略提供无与伦比的能力，同时提供非常有价值的工具，用于预测和应对未来的新挑战。

比尔和梅林达盖茨基金会肺炎小组主任Keith Klugman教授说： 我们必须继续为世界各地的儿童接种疫苗，因为疫苗接种是降低肺炎风险的最佳方法，因为它可以防止儿童通过S.他们和成年人之间的肺炎。但是，我们正在与抗菌菌株的进化作斗争。这项研究表明正在进行的全球基因组监测对于了解哪些菌株可能会对其造成威胁，以及帮助重新配制下一代疫苗具有重要意义。